全转录组即特定细胞或组织在某一功能状态下所有转录产物 (mRNA、 LncRNA、 CircRNA 以及 microRNA) 的合集。全转录组测序可对同一个样品同时进行 mRNA、 LncRNA、 CircRNA 和 microRNA 的单独分析,还可进行多种 RNA联合分析以及内源竞争性 RNA 整合分析,分子标记筛选等,探究其潜在的调控网络机制,全面的揭示转录调控问题。主要应用于免疫机制、疾病领域、发育进化、致病机理和药物靶标等方面的研究。
全转录组是转录组测序的一站式解决方案,对一份样品建两个文库,获取 4 种 RNA 的测序结果进行分别分析与联合分析,并对 LncRNA 与 CricRNA 这类具有 microRNA 结合位点的非编码 RNA 进行 ceRNA 分析,深度挖掘基因功能及调控机制,解析 RNA 分子间调控模式。
3、低成本,高准确性,大幅降低了测序时间
4、数字化信号,直接测定每个转录本片段序列,单核苷酸分辨率的精确度
5、利用高深度的测序数据组装构建转录本序列,识别可变剪接模式
样本类型 | 建议送样量 | 存储介质 | 保存、运输条件 |
组织 | >50mg | 1.RNA later; 2.存入冻存管; 3.大块组织样本不建议放入trizol保存; 4.1.5ml无菌离心管 | -80℃保存,干冰运输 |
细胞 | >2 x 10^6 | 1.收集的细胞沉淀,加入1ml trizol震荡混匀-80度保存; 2.收集的细胞沉淀,液氮速冻5-10min,-80℃冰箱保存; | -80℃保存,干冰运输 |
全血 | >1ml | A.采用EDTA抗凝管采血,禁用肝素抗凝管,新鲜血液效果更佳。 B.或者分离出PBMC加 trizol 混匀。 C.或者全血离心去掉血浆加 trizol 混匀。 D.或者使用PAXgene Blood RNA Tube静脉真空采血管(全血RNA管) PS:请尽量不使用RNA later保存全血。 | -80℃保存,干冰/4度(新鲜)运输 |
FFPE | A.切片组织面积大于1cm2,切片表面无划痕,无干裂,均匀贴片的石蜡切片; B.切片组织细胞>30000个;有核细胞比例>80%;肿瘤细胞比例>20%,白片厚度5~ 10um,需3-5片,组织面积偏小或细胞核占比未达80%以上,需提供5-12片; C.石蜡块:厚度4mm以上,组织约绿豆大小以上; D.蜡卷:厚度25um左右,2-5卷 | / | 4℃或常温保存和运输 |
RNA | >1ug | DEPC水;Water Nuclease-Free | -80℃保存,干冰运输 |