CUT&Tag技术的核心是在Tn5上融合了protein A/G抗体结合功能域的转座体pAG-Tn5。在进行CUT&Tag实验时，首先进行靶蛋白特异性抗体（一抗）孵育，使抗体进入细胞与靶蛋白结合。为了放大信号，同理接着进行二抗孵育。最后孵育pAG-Tn5转座体，使得转座体进入细胞并与抗体结合，这样就把转座体间接的固定在靶蛋白上，随后激活Tn5酶的切割活性，切断靶蛋白结合的DNA区域。由于Tn5连有测序接头，在打断的同时直接在片段化的DNA上加接头，接着提取DNA，进行PCR扩增构建文库。
尽管CUT&Tag与ChIP方法在某些方面类似，但CUT&Tag实验的起始材料是活的可渗透细胞或分离的细胞核，而不是ChIP-seq中使用的甲醛交联的细胞或组织。CUT&Tag有望将蛋白与染色质DNA互作的研究变成了一种类似PCR反应的常规操作，对基因调控、表观遗传等领域的研究具有重要的意义。
更好的信噪比和更低的背景；
样本起始量低，测序通量高，单碱基分辨率；
检测整个基因组中的蛋白质/DNA结合和组蛋白修饰位点；
精确定位蛋白质与DNA的结合位点；
灵敏度高，可以检测细胞中少至几个拷贝的稀有片段；
| 样本类型 | 建议送样量 | 存储介质 | 保存、运输条件 |
| 新鲜细胞 | ＞30w | 有10%FBS的常用培养基 | 碎冰运输，冰袋运送注意温度勿过低导致悬液冻结 |
| 冻存细胞 | ＞30w | 冻存液（10%DMSO，30%血清（FBS）培养基） | -80℃保存，干冰运输 |
| 动物组织 | ＞30mg | / | -80℃保存，干冰运输 |
| 植物组织 | >500mg | / | 预冷的锡箔纸包裹储存在-80°C，干冰运输 |
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