ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座,是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象,由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA,也是需要插入位点的染色质是开放的,否则就会被高级结构给卡住。
转座酶可以随机结合并切割染色质开放区的DNA,并且可同时在切割位点插入接头序列。如下图,只要将携带已知DNA序列标签的转座复合物(即带红色和蓝色序列标签的Tn5转座酶)加入到细胞核中一起孵育,再利用已知序列标签进行PCR扩增即可形成文库,经过测序就可以获得染色质开放区的信息。
1、灵敏度高,细胞起始量低;
2、操作更简单,优化建库、耗时短;
3、技术重复性强、成功率高;
4、检测基因组组蛋白修饰、转录因子、转录调控子结合位点;
5、分析结果可视化,图形化的展示peak的富集情况
样本类型 | 建议送样量 | 存储介质 | 保存、运输条件 |
冻存细胞 | >20 w | 1.将细胞重悬与冻存液(50% FBS+40%完全培养基+10% DMSO)中,每个冻存管加入≥20万细胞 2.将冻存管(标记样本名)放入程序降温盒中,放入-80度冰箱,降温6-24H后即可准备运输 | -80℃冰箱保存,干冰运输 |
新鲜细胞 | >10 w | 10%FBS常用培养基 | 运输时使用碎冰4°运送,新鲜细胞悬液尽可能在4h内送达 |
动物组织 | >30 mg | / | 液氮速冻30min 后放于-80℃保存;干冰运输 |
植物 | 叶片≥0.5g;茎≥1 g;根≥1 g | / | 液氮速冻样本,然后用预冷的锡箔纸包裹储存在-80°C,干冰运输 |