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 扩增子测序是使用细菌、真核生物、真菌通用引物，分别扩增研究环境下微生物群体的16S rDNA/18SrDNA /ITS高变区或功能基因，通过高通量测序获得巨量扩增产物序列信息，并通过生物信息学算法与统计学，搜集变异信息、物种组成丰度信息，分析特定环境下的微生物群落的多样性和分布规律，以揭示环境样品中微生物的种类、相对丰度、进化关系等。